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目前批准产品均基于新型冠状病毒基因组中开放读码框、包膜蛋白和核衣壳蛋白进行选择。不同病毒采样管的检测原理基本一致，但是其引物、探针设计存在不同，有单靶区段、双靶区段、三靶区段(ORFIab, N蛋白和E蛋白)的检测和判读差别。建议使用者应严格按照不同一次性病毒采样管说明书规定的判读方式进行判读。
依据《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案(试行第五版)》确诊病例要求，临床诊断病例或疑似病例，具备以下病原学证据之一:1.呼吸道标本或血液标本实时荧光RT-PCR检测新型冠状病毒核酸为阳性;2.呼吸道标本或血液标本病毒基因测序，与己知的新型冠状病毒高度同源。
如临床人员对检测结果感觉明显不符，建议对整个检测环节(如对样本的采集、转运及处理等环节)进行分析。应关注检测结果为阴性的患者，不排除其为新型冠状病毒早期感染或其他呼吸道病毒感染等。如条件允许，建议采集痰液或肺泡灌洗液等敏感性更高的样本进行复测。
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